Η Τρίκλιτη Βασιλική της Μεσσήνης (16 x 38μ.) είναι χτισμένη με spolia προγενέστερων οικοδομημάτων, όπως δείχνει η πλακόστρωση του μεσαίου κλίτους και ο τοίχος της αψίδας. Ιδρύθηκε στα τέλη του 7ου αι. μ.Χ. λειτουργούσε ωστόσο σε όλη τη διάρκεια της Βυζαντινής εποχής με συνεχείς επισκευές και προσθήκες.

Την περίοδο της Φραγκοκρατίας τα πλευρικά κλίτη χρησιμοποιήθηκαν για ταφές ενώ απέκτησαν και αψίδες. Σώζονται οι περισσότερες ιωνικές βάσεις κιόνων στη θέση τους, ενώ αρκετά μαρμάρινα επίκρανα από το τέμπλο της πρώτης φάσης βρίσκονται διάσπαρτα.